印度尼西亚一词源自希腊语的印度（Indus）及岛屿（nèsos），指印度各岛。此名称自18世纪即已存在，早于独立的印度尼西亚。英国民族学家乔治·温莎·尔耳（George Windsor Earl）于1850年发表了“Indunesians”一词，但其较偏好使用“Malayunesians”－指东印度群岛及马来群岛的居民。在同篇期刊中，尔耳的学生詹姆士·理查森·洛根（James Richardson Logan）则以“Indonesia”指东印度群岛。但荷兰学界不使用印度尼西亚（Indonesia）一词，而使用马来群岛（Maleische Archipel）、荷兰东印度群岛（Nederlandsch Oost Indi?）等，而东印度（Indi?）、东方（de Oost）及群岛（Insulinde）等词也相当常见。

至1900年后，印度尼西亚一词在荷兰以外的学术圈已被广泛使用，印度尼西亚国家主义团体也以该词为政治主张。柏林大学的阿道夫·巴斯蒂安出版了《Indonesien oder die Inseln des Malayischen Archipels》一书后，“印度尼西亚”的称呼更被广泛使用。Ki Hadjar Dewantara为首位采用该词的印度尼西亚学者，于1913年创设新闻局并命名为印度尼西亚新闻局（Indonesisch Pers-bureau）。

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